1874年，明治政府设立小学教则讲习所，开始了师范教育。此后，1878年演变为长崎县师范学校，到1943年成为长崎师范学校。1905年设立的长崎高等商业学校到1944年成为长崎经济专门学校。药学部始于1890年设立的第五高等中学医学部药学科，1923年成为长崎医科大学的同时，县立长崎医院被国家托付给长崎医科大学而成为了它的附属医院。另外，与医科大学同时设立的还有附属医学专门部以及附属药学专门部，此外，还开设了附属医院妇产护士培训所。水产学部则始于1921年在长崎师范学校里设立的长崎县实业补习学校教员培训所，到1944年成为长崎青年师范学校。

　　学校沿革

　　1949年　新制长崎大学设置(学艺学部、经济学部、医学部、药学部、水产学部等五学部)

　　1966年　工学部设立

　　1966年　学艺学部改称教育学部1979年　齿学部设立

　　1984年　医疗技术短期大学部设立

　　1984年　商业短期大学部改称商科短期大学部

　　1997年　环境科学部设立

　　2000年　商科短期大学部废止

　　2004年　根据国立大学法人法，改为国立大学法人

　　3专业设置

　　学部　

   　教育学部　　経済学部　　医学部　　歯学部　　薬学部　　工学部　　环境科学部　　水产学部

　　医疗技术短期大学部(因为改组为四年制医学部保健学科，2002年度以后停止招生)